过去年终奖都是单独计税的，就存在甲和乙两个人工薪收入算下来都一样多，但由于发放方式不同，导致缴纳税款不同的情况，是有失公平的。
比如，两人纳税年收入均为20万元，但甲年终奖10万元，其余工资10万元；乙没有年终奖，全部是工资收入。那么按照现行税率、年终奖单独计税，甲只要缴17270元个税，乙却要缴23080元个税。
另外，年终奖单独计税还存在“断档”区间。在这些区间内，税前奖金多的，扣完税到手后反而拿得少。比如丙年终奖拿了12000元，缴纳360元个税后到手11640元；丁年终奖拿了12300元，缴纳1050元个税后到手11250元。丁最终拿到的没有丙多。
个税改革后，将工资薪金、劳务报酬等劳动性所得实行综合计税，避免了类似月度间波动造成的税负不公平现象。但国家充分考虑纳税人需求，为政策从单独计税转向合并计税设置了3年过渡期，也有助于企业安排更为合理的薪酬发放方式。
