迟到扣工资是否合法，需根据具体情况判断。
一般情况下不合法：
员工上班迟到被直接扣除工资通常是不符合法律规定的。我国《企业职工奖惩条例》已废止了企业拥有的罚款权，用人单位不能再根据该条例在规章制度中设立罚款条款。
除非因劳动者的迟到给公司造成了经济损失，用人单位可以依据劳动合同的约定扣除工资作为赔偿，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的工资水平不得低于当地最低工资标准。
特定情况下合法：
如果用人单位已依法在规章制度中明确迟到早退要扣工资，且该规章制度已进行公开公示并告知员工，那么在此情况下，迟到扣工资是合法的。
但这种扣除应当合理且善意，不能明显扩大劳动者的违纪结果或加重其违纪责任。例如，不能为了惩罚而扣除多倍的工资，这既不符合法律规定，也不合情理。
扣工资的具体标准：
扣款金额可能因迟到时长、工资水平等因素而异，但应确保扣款比例不超过当月工资的20%。
扣款后，劳动者的工资水平不得低于当地最低工资标准。
综上所述，迟到扣工资是否合法，关键在于用人单位是否有合法的规章制度作为依据，以及该规章制度是否已公开公示并告知员工。同时，扣款行为必须合理且善意，不能违反法律规定和劳动合同的约定。
